Humane genetica: sequenom

Live forum: /viewtopic.php?t=5522

Anonymous

17-06-2006 20:42:11

Kan er iemand het principe van de sequenom (primer extension reactie) methode uitleggen?

We hebben dit gezien bij technieken in DNA onderzoek vanaf slide p21

Herlinde

18-06-2006 06:29:46

Hoop dat ik op de juiste slide zit te kijken...

Wel, het is eigelijk een beetje hetzelfde principe als een gewone sequencing:
-Je hebt het DNA dat je wilt testen, je wilt dus weten welk van de 4 basen net na de primer zit (de primer wordt zo ontworpen dat hij aansluit tot vlak voor de SNP-site)
-Je denkt bijvoorbeeld dat op de SNP-site een T moet zitten. Dat wil zeggen dat je een A zal inbouwen.
-Als je nu enkel ddATP toevoegt aan je PCR zal je na de inbouw van een A geen verlenging meer krijgen van de primer.
-> Dit zie je op de linkerkant

Rechts heb je dan een ander allel: er zit een C op de SNP-plaats
-doordat je wel dGTP (en ook dTTP & dCTP) hebt toegevoegd zal de primer nu wel kunnen verder verlengen, je krijgt dus de inbouw van een dCTP, en pas daarna komt de inbouw van een ddATP

Nu kun je het verschil hiertussen zien op een chromatogram (denk toch dat het een chromatogram is)
Als je maar homozygoot bent, zal er een piekje zijn voor de primer zonder verlenging, en een piek voor de primer + het aantal ingebouwde nucleotiden.
Als je heterozygoot bent (chromatogram in het midden) zal je dan 3 pieken krijgen.

Is dit duidelijker?