humane genetica:MLPA

Live forum: /viewtopic.php?t=5534

Anonymous

18-06-2006 08:33:11

Kan iemand het principe van MLPA uitleggen?
K heb wel een vermoeden hoe de techniek werkt maar k ben het niet zeker.

Een poging:
aan elk exon hang je 2 primers. Een korte met steeds dezelfde lengte en een lange met een andere lengte afhankelijk van het exon waaraan het moet binden. Omdat elke primer een andere lengte heeft kan je die op een gel zetten. Je kan dan zien of een exon of (stuk waaraan die primer bindt) gemuteerd is want dan bindt die primer niet aan dat target dna en is er dus geen bandje op de gel te zien.

btw: ik heb domme vraag maar primer is da hier 't zelfste als probe?

Maar ik 't gevoel dat mijn uitleg niet klopt want
- waarom moeten die primers/probes dan ligeren?
-wat wil die pcr primer sequence Y of X zeggen? Is dit een merker of zo?
-Wat staat er in die grafiekskes die erna staan? p 29 en30? Ik versta wel dat je er deleties en amplicificaties kan op zien. Maar meer ook niet.

Je merkt het: Ik versta compleet niks van die technieken. :cry:

Herlinde

18-06-2006 08:50:14

Je uitleg klopt wel met wat ik ervan versta hoor...
Je hebt dus 2 sequenties die uniek zijn voor een exon en die naast elkaar liggen. Aan de ene kant hang je er een standaard primer aan, die je Y heet. Aan de andere kant hang je er eerst een stuffer aan en dan de standaard primer, die je X heet.
(Die stuffer is dus een verschillende lengte voor elk verschillend exon dat je wilt bekijken)

Kweet niet zeker waarom dat die dingen moeten ligeren, maar ik vermoed dat dat is om een hogere specificiteit te krijgen? Als die ene op een andere plaats zal binden, zou je anders een aspecifiek bandje krijgen? (als iemand een betere uitleg heeft, feel free...)

Voor zover ik weet zijn deleties en amplificaties ook wel het enige dat je op die grafiekjes kan zien. Ze weten dat doordat je een fragment aan een mindere of meerdere dosis hebt, en dan gaan ze dat normaliseren (dus kijken hoeveel ze hebben tov een interne standaard die ze ook in datzelfde experiment hebben laten lopen).
Dan kan je zien of je meer of minder hebt...

Dat is mijn interpretatie toch... Hopelijk snap je het nu wel wat beter
en kop op: het was de laatste techniek :wink:

Anonymous

18-06-2006 10:07:07

Voor de zekertete,
die x en die y die erbij staan op 't grafiekske op p 30 hebben nieks met die x en de y te maken van die standaard primers he?

Bedankt herlinde 't principe van die techniek versta ik nu.

Herlinde

18-06-2006 11:27:39

Nee die X & Y op p30 zijn voor de geslachtsbepaling (maar hoe je het verschil kan zien tussen XX en XXX weet ik ook niet juist ze...)

Herlinde

18-06-2006 11:28:26

Ah, kdenk door de hoogte van de pieken:
bij male zijn die piekjes heel klein
bij female zijn ze iets groter
en bij XXX zijn ze nog groter

Veel succes nog

Anonymous

13-06-2007 18:54:42

dAG
Ik ben nu een tijdje met MLPA in de praktijk bezig.

Het is niet altijd eenvoudig te pieken te interpreteren. Enkele moeilijkheden dich zich in de praktijk voordoen zijn oa. contaminatie van bv maternale cellen indien MLPA op bv vruchtwater wordt toegepast. Ook moza´ken geven niet altijd een duidelijke interpretatie, hier speelt het percentage mozaik een belangrijke rol in.
Daarbij is het niet zo dat bij bv XXX de piekhoogte 3x het verwachte patroon zou zijn.
Er valt dus nog heel veel te leren en te leren interpreteren.

Wat mij erg interesseert is jullie cursus hierover.
Ikzelf zit in de praktijk en ben dus heel benieuwd hoe deze nieuwe techniek aan studenten wordt aangeboden.

Kunnen jullie mij hieraan helpen?

Verder nog heel veel succes. Ik neem aan dat jullie al weer een jaartje verder zijn en hopelijk zijn intussen al veel vragen over dit onderwerp opgelost.

Groetjes