Linkage disequilibrium

Live forum: /viewtopic.php?t=15158

ForzaJuve

04-06-2008 18:58:33

Linkage Disequilibrium bij monogene aandoeningen:
-> meestal niet omdat het allel gaat verschillen tussen de verschillende families

Ma bij een associatiestudie onderzoeken ze of de frequentie van een allel ni verhoogt is t.o.v. normaal, in een populatie (dus tss verschillende families). Dus daar zal het allel toch ook verschillen tss de verschillende families dan ? Dus waarom werkt da hier dan wel ???

Ik begrijp er eigenlijk nix meer van :lol:

philippeb

04-06-2008 19:38:42

Bij monogene aandoeningen is er bv. een familie met een bepaald allel 'a' voor bv. het gen voor Huntington. In een andere familie is er het allel 'b'. Als er nu in beide families een mutatie gebeurt in t gen voor Huntington zal er een verschillend allel voor het afwijkende Huntington-gen staan. Dus geen linkage disequilibrium.

Bij associatiestudies zal er op t moment van hett ontstaan van de afwijking in het bepaalde gen, een bepaald allel aan dit gen vooraf gaan. Dit afwijkend gen zal dus overerven met dit allel eraan vooraf = linkage disequilibrium. Maar het kan zijn dat in een andere populatie een ander allel in linkage disequilibrium met dit afwijkend gen staat. (t is een beetje founder effect denk ik)

Misschien is het ook omdat in een multifactoriŽle aandoening, zoals bestudeerd in een associatiestudie, de kans groter is om het allel+gen over te erven, omdat de aanwezigheid ervan niet altijd leidt tot de aandoening, in tegenstelling tot de monogene aandoening.

Ik weet niet of het juist is, ma verbeter maar dan..

ForzaJuve

04-06-2008 19:49:09

Dit afwijkend gen zal dus overerven met dit allel eraan vooraf = linkage disequilibrium.

Maar dat linkage disequilibrium, dat is toch dat ťťn allel frequenter voorkomt bij de "patiŽnten" dan bij de "controle", waardoor dat allel geassocieerd is met de aandoening.

Maar: LD meet je toch in een populatie, die bestaat uit niet verwante mensen. Dus dan kan het toch zijn dat bij sommige personen uit de populatie er een associatie is met allel A, en bij andere met allel B... dan kan je dat toch ook niet detecteren ?

Allez, ik begrijp waarom LD niet werkt voor de monogene aandoeningen ť, ik snap gewoon niet waarom het dan wel werkt voor multifactoriŽle associatiestudies (want daar lijkt mij hetzelfde probleem te zijn).

philippeb

04-06-2008 20:03:14

Maar dat linkage disequilibrium, dat is toch dat ťťn allel frequenter voorkomt bij de "patiŽnten" dan bij de "controle", waardoor dat allel geassocieerd is met de aandoening.

Nee, linkage disequilibrium is dat 1 allel vaker overerft samen met een ander allel. Dat kan dan toegpast worden op patiŽnten waar een allel vaker voorkomt.

Maar: LD meet je toch in een populatie, die bestaat uit niet verwante mensen. Dus dan kan het toch zijn dat bij sommige personen uit de populatie er een associatie is met allel A, en bij andere met allel B... dan kan je dat toch ook niet detecteren ?

Allez, ik begrijp waarom LD niet werkt voor de monogene aandoeningen ť, ik snap gewoon niet waarom het dan wel werkt voor multifactoriŽle associatiestudies (want daar lijkt mij hetzelfde probleem te zijn).


Hmmm, nu ge dit zegt begin ik ook te twijfelen. Ik ga het morgen nog eens bekijken en proberen een oplossing te vinden.

ForzaJuve

04-06-2008 20:27:39

Na nadere inspectie van mijn boek heb ik het toch gevonden:

p128: "LD wordt meestal aaangetroffen voor multifactoriŽle aandoeningen: een bepaald polymorfisme is in een ver verleden ontstaan en heeft zich geleidelijk verspreid in de bevolking"

Dus bij multifactoriŽle is er toch steeds associatie met hetzelfde allel, ondanks dat de populatie niet echt familie zijn.

Zal in't vervolg beter lezen :lol:

philippeb

04-06-2008 20:33:10

Ah voila se, problem solved :D