t exaam van 2009

Live forum: /viewtopic.php?t=19358

Alex!

28-06-2009 16:42:50

Voor de kindjes die na ons komen en zich afvragen wat dat gekke vak nu precies van u verwacht :D:

Je krijgt dus een entry code in de zin van NM_........ en daar moet ge dan van achter komen voor welk prote´ne dat, in dit geval mRNA, codeert (was bij mij VEGFA), moet achter te komen zijn via Entrez, en dan zoek je nog bijkomende informatie op UniProt, is de prof ook weer content.
Dan moest je het aantal RefSeq genes bepalen dat je bij resp. Ensembl! en UCSC-genome browser kunt vinden. Je moet ook een aantal genpredicties uitvoeren en dat hele dinges in Excel doen om daarna u GFF te uploaden in Ensembl en UCSC als custom tracks en vergelijken met u eerdere bevindingen. Daarna u CpG eilanden bepalen en vergelijken. Nog een vraagje in welke pathway dit prote´ne dan tussenbeide komt (tip: vaak is da zo'n disfunctionerend eiwit in een ziekte...dus zoek da op via OMIM en daarna verifiŰren in Swissprot KB)
Er zat ook een vraagje bij over welk eiwit bij een andere species het meest leek op proteine X bij de mens (BlastX of BlastP).

En tenslotte een MEGAGROOT Linux commando waarvan ge moet kunnen zeggen wat het doet (tip: tikt dat gwn eens in op u Putty en ziet wat da doet of splitst da op in gedeeltes, en tik dat in als "man [...]".

Voila, dat wast, leek mij wel tof om te weten wat je kunt verwachten..... ;)
(oh, en als em tijdens de lessen zegt dat je de Emboss-explorer niet mag gebruiken tijdens t exaam, maar dat je perse Linux moet gebruiken...vraagt dat nog eens na op t exaam zelf of dat het echt ni mag, dikke kans dat het uiteindelijk toch wel mag ;))

richie

28-06-2009 19:49:14

15/06
1)
a) Download gegeven bestand (= een AZ-sequentie)
b) Welk soort bestand is dit? (FASTA, GFF...)
c) Wat stelt dit voor? DNA, RNA, Protein..
d) Welk gen is dit, van welk organisme? Welke Entrez GeneID? Welke UniProtKB identifier, naam?
e) Hoe noemt menselijke gen van dit? Waar gelegen in genoom? Welke ziektes gaan hierbij gepaard?
f) Hoeveel verschillende transcripts bij UCSC, RefSeq, Ensemble?

2)
a) UCSC: Kan je zien of NFkB iets te maken heeft als transcriptiefactor bij menselijk IL-6? Gebruik 'TSBF' bij Regulation. Hoeveel verschillende transcriptiefactoren binden bij 2kb upstream van promotor-site van IL-6?
b) Download sequentie van 2kb upstream van promotor-site van IL-6. En gebruik Fuzznuc in Emboss om te kijken of de Consensus YYNNTTCC(ofzoiets) voorkomt, kijk of dit klopt in de Browser.
c) Gebruik Table van UCSC om te kijken hoeveel NFkB binden als TXN-factor in chr21. Hoeveel zijn het er? Download al deze sequenties en voeg er 50bases toe aan beide zijdes. Hoeveel aantal hits met de consensus YYNNTTCC geeft Fuzznuc in Linux?