24/06/2010

Live forum: /viewtopic.php?t=21059

Botje

24-06-2010 19:38:46

1.
Humaan E2F1: maart 2006 zoek op UCSC
Download sequentie met 10kb upstream
Doe voorspelling. Uploaden op UCSC. Is dit een goede voorspelling?
Visualiseer TFBS conserved.
Zoek de TFBS conserved in E2F1: maak voorspelling en upload deze.
Wat is het Linux commando als je deze TFBS wil voorspellen? (Hij geeft het te zoeken patroon)
Vergelijk je track met de gegeven TFBS? Komt deze overeen? Bepaal PPV en Sensitiviteit indien mogelijk.

2.
Voor welk proteine codeert NM_00 (voor VEGFA)
Geef al die informatie.
In welke signaalpathway speelt dit gen een rol.
Geef alle genen van deze pathway.
Welke commando in Linux als je het aantal genen in deze file wil tellen?
Geef de Ensembl ID van deze genen.
Geeft de meest gelijkende ortholoog.

Dat was het ongeveer denk ik. Veel succes!