Examen 25/06/2010 namiddag

Live forum: /viewtopic.php?t=21063

Dominique

25-06-2010 16:19:04

1e Examenvraag
*Je krijgt een link ==> Open die en er verschijnt een sequentie (in mijn geval een DNA sequentie, die zo bleek voor BRCA1 codeerde).
* Voorspel of deze sequentie genen bevat met geneid (JE kan de server gebruiken, dus die webpagina daar, maar als je kan neem dan linux, dat ziet hij liever en dan kom je beter in de gratie voor de volgende ramp)
*Welk gen denk je dat dit kan zijn ==> zoek je dus gewoon uit
*Uploaden als track naar UCSC ==> Komt dit overeen?
*Dan bevat de 3' UTR bindingsplaatsen voor miRNA's (= de TSMiRNA track aanzetten in ucsc) Geeft fuzznucc dit ook weer (weerom linux als je kan) en is dit een goede voorspelling?
*Dan voor welke eiwitten codeert dit gen (zie uniprot en dergelike) geef correcte identifier naam en code. Welke zijn de alternatieve splicing vormen (hoeveel). Wat is de GO annotation (dus de functies) en welke ziekten zijn met dit gen gelinked (OMIM).
*download de proteinesequentie in fasta formaat.

2e vraag ==> De MYSQL ronde :shock: :x
*Geef het commando waarmee je in SQL alle mrna's kunt halen die coderen voor genen met meer dan 30 exonen (het hele genoom)
*Geef het commando waarmee je in SQL de mrna's kunt halen die coderen voor genen met 30 exonen op chromosoom 1 CAVE: Je wil een commando dat enkel de indentifiers overhoud!!
(Let op mrna's coderen niet vor genen, maar je weet wel wat ik bedoel, ben te lui het goed te zetten.Tis vakantie voor iets 8) )
*Kun je deze er ook uithalen met MYSQL OF met de table browser ( :feest )
*Zet de bekomen identifiers om naar ensemble-ID's

Dus het doel is eigenlijk het bekomen van de mRNA identifiers (vorm NM ....) en die imzetten naar ensemble id's (ENSM....) via BIOMART!

De commando's geven kon denk ik niemand, de rest is niet zo moeilijk.

Algemeen: Niet bang zijn en tandjes bijten. Bij die tablebrowser kwam ik niet direct op het juiste ding (ik kon aantal exonen niet instellen) maar met wat geprutst kwam ik er dan toch.

Prof valt ook wel mee om exaam bij te doen. Geen bang hebben.

Mazza

25-06-2010 16:57:33

Kvind et toch nodig om uit te wijzen da ik die commando's wel kon :p

Was in feite nie zo moeilijk, stond goed uitgelegd in de slides, en dan gewoon een klein beetje puzzelen in da programma.

Twas gewoon twee keer iets in den aard van "select name from refGene where exonCount > 30" ofzo.

Cleo

25-06-2010 17:27:29

Bij mij hetzelfde als bij Dominique,..

Je moet ook nog met je bekomen fasta een Blast doen en dan de 5 beste homologen aanwijzen.
Hij stelde bij mij ook mondelinge bijvragen:
hij opende een fastafile, en selecteerde een aantal nucleotiden. Dan vroeg hij: stel dat dit een exon is op welke manier kan geneid deze nucleotiden onderscheiden van alle andere ?
In ucsc toonde hij iets aan( een dun balkje) en vroeg hij: wat is dit (een niet-coderend exon)
endan vroeg hij: hoe noemen we dit deel van een gen (het 3' UTR uiteinde)

Dominique

25-06-2010 21:09:37

Kvind et toch nodig om uit te wijzen da ik die commando's wel kon :p

Was in feite nie zo moeilijk, stond goed uitgelegd in de slides, en dan gewoon een klein beetje puzzelen in da programma.

Twas gewoon twee keer iets in den aard van "select name from refGene where exonCount > 30" ofzo.


Tja, in mijn slides stond da echt niet. Kzou nie weten waar die commando's uitgelegd stonden. Wel een plaatje enzo van MYSQL maar voor de rest was dat een zwart gat ...

Edit: en bij mij vroeg hij ook nog hoe UCSC kon weten dat een bepaalde sequentie een exon was of zoiets.

Mazza

25-06-2010 22:15:35

Tja, in mijn slides stond da echt niet. Kzou nie weten waar die commando's uitgelegd stonden. Wel een plaatje enzo van MYSQL maar voor de rest was dat een zwart gat ...

Edit: en bij mij vroeg hij ook nog hoe UCSC kon weten dat een bepaalde sequentie een exon was of zoiets.


Slide nummer 94, met wa meer uitleg op 95 en een voorbeeld op 98. Maja, kdenk nie da et op zoveel punten stond, vraag 1 was de belangrijkste.

Bij mij vroeg em als bijvraag wa et stukske gans links aan da gen was da geneid nie had gevonden(3'UTR).